18.3.1 כללי
מסלול ההטבות במס טרם תיקון 68 לחוק, ניתן ביחס לחברות שבחרו לוותר על מסלול המענקים, ולבחור תחתיו מסלול הטבות חלופי של פטור ממס. תקופת הפטור השתנתה בהתאם למיקומו של המפעל באזורי הארץ. המנגנון בחוק לקביעת ההכנסה החייבת במס הזכאית להטבות, היה מורכב מאוד ולרוב יצר מצבים של חוסר וודאות בידי המשקיעים באשר לשיעורי המס שיחולו ועל כן הביא גם לפגיעה משמעותית ביכולתה של המדינה למשוך השקעות לתעשייה.
תיקון 68 לחוק, שתחולתו לגבי הכנסות שהופקו החל מיום 1 בינואר 2011, חולל שינוי מהותי במסלול הטבות המס לחברות תעשייתיות שעומדות בתנאים שנקבעו במסגרת החוק. במסגרת התיקון בוטלו כל מסלולי ההטבות הקיימים ונקבעו מסלולי הטבות חדשים שיחולו על כלל הכנסות המפעל מהפעילות הייצורית. חלף קבלת פטור ממס נקבע בתיקון כי על ההכנסות הנכנסות בתחולת החוק, יחולו שיעורי מס מופחתים, כתלות במיקום המפעל (שיעורים כאמור שונו במסגרת תיקון 71 לחוק. ראה הרחבה בהקשר זה בהמשך). כמו כן, נקבע בתיקון כי ההטבות יינתנו רק לגבי פעילות ייצור בישראל. במסגרת התיקון, בוטל סעיף 74, שקבע את המנגנון לחלוקת ההכנסה החייבת במקרה של הרחבת מפעל קיים, שכן בהתאם להוראות החוק כנוסחן לאחר תיקון 68, שיעורי המס המופחתים יחולו על כלל ההכנסה החייבת ולפיכך אין רלוונטיות לקביעת נוסחה לחלוקת ההכנסה החייבת.
במסגרת התיקון, בוטלו כל ההטבות במס שהוענקו לחברות תעשייתיות בהשקעת חוץ ולמפעלים תיירותיים בהשקעת חוץ. כמו כן, נציין כי ביחס למתקן תיירותי ללינה, ימשיכו לחול הוראות החוק, כנוסחן טרם תיקון 68, דהיינו קבלת הטבות במס בהתאם למסלול של "מפעל מוטב" וכן במסלול של "מפעל מאושר". בהקשר זה יצוין כי במסגרת תיקון 68, תוקנה הגדרת "מפעל תיירותי" בהקשר של קבלת הטבות של מפעל מוטב, באופן שלאחר התיקון, רק מתקן תיירותי ללינה יוכל להיכנס למסלול של הטבות במס כ"מפעל מוטב", בעוד שאטרקציה תוכל להיכנס רק למסלול המענקים ולהטבות במס בהתאם לסימן א' להוראות הפרק השביעי.
החוק במתכונתו הנוכחית הינו פשוט, קל ליישום ונותן וודאות גבוהה ביחס לשיעורי המס שיחולו על הכנסות החברה.
תיקון 73 הוסיף שני מסלולי מס חדשים, מפעל טכנולוגי מועדף ומפעל טכנולוגי מועדף מיוחד.