12.4.1 כללי
עד ליום 31 בדצמבר 2002, מיסוי קרן נאמנות ובעלי יחידותיה הוסדר ברובו בחוק השקעות משותפות בנאמנות, התשנ"ד-1994. בעקבות הרפורמה, החל מה-1 בינואר 2003, מוסדר נושא מיסוי הקרן ובעלי היחידות בפקודת מס הכנסה בלבד. במקביל, בוטלו ההוראות שעניינן מיסוי הקרן ובעלי היחידות בחוק השקעות משותפות.
סעיף 105יא לפקודה, שנחקק במסגרת הרפורמה, הגדיר שלושה סוגי קרנות:
קרן נאמנות חייבת – קרן נאמנות שרווחיה חייבים במס ברמת הקרן ואילו המשקיעים בעלי היחידות פטורים ממס.
קרן נאמנות פטורה – קרן נאמנות שרווחיה והכנסותיה פטורים ממס ברמת הקרן ובעלי היחידות חייבים במס.
קרן נאמנות מעורבת – קרן נאמנות שרווחיה והכנסותיה חייבים במס חלקי ובעלי היחידות חייבים ביתרת המס.
במסגרת תיקון 147 לפקודה החל מיום 1 בינואר 2006, בוטלה האפשרות לסיווג קרן נאמנות כ"קרן מעורבת", כך שכל "קרן נאמנות מעורבת" הפכה למעשה ל"קרן נאמנות פטורה". משמעות הדבר היא כי נותרו שני סוגים בלבד של קרנות נאמנות: קרן נאמנות חייבת וקרן נאמנות פטורה.