חוק מע"מ מטיל מס על הערך המוסף, הבא לידי ביטוי בהפרש שבין סך ההכנסות לבין סך ההוצאות שבהן עמד העוסק.
לגבי מוסדות כספיים נהג המחוקק בשיטה שונה למדידת הערך המוסף – מיסוי השכר והרווח, אשר יחדיו אמורים למדוד את הערך המוסף של המוסד הכספי.
תכליתו של חוק מע"מ היא למסות את הצריכה ובהתאם, המס המוטל על פיו הינו מס עקיף. למרות שמס שכר ומס רווח הינם מסים ישירים לעניין פקודת מס הכנסה, יש להתייחס אליהם בדומה לכל מס עקיף אחר. כלומר, מס השכר ומס הרווח הינם הוצאה ביצור הכנסה לפי סעיף 17 לפקודה ולפיכך אינם מסווגים כמס ישיר המוטל על ההכנסה לאחר שנוצרה, אשר אינה מותרת בניכוי.
סעיף 145(ב) לחוק מע"מ קובע כי שר האוצר רשאי לקבוע כי על גביית המס ממוסדות כספיים יחולו, בשינויים המחויבים, הוראות פקודת מס הכנסה לעניין שומה, השגה, ערר, גביה, ריבית וקנסות, או על חלק מנושאים אלה.
בתקנות מס ערך מוסף (מוסדות כספיים ומלכ"רים), התשל"ו-1976, נקבע כי הוראות מס הכנסה לעניין שומה, לרבות תיקון שומה, השגה, ערעור, גבית המס, ריבית וקנסות יחולו בשינויים המחויבים, לעניין המס שחייב בו המוסד הכספי.
רישום של חברה כמוסד כספי נעשה במשרדי מע"מ.